Setelah Sultanah Nurul Alam Naqiyatuddin meniggal dunia, Lembaga Panglima Sagi bermusyarah dan mengangkat Putroe Raja Seutia menjadi sultanah Aceh berikutnya dengan gelar Sultanah Zakiatuddin Inayat Syah. Dibandingkan dengan sultanah sebelumnya, Zakiatuddin berkuasa relatif lebih lama yakni kurang lebih sepuluh tahun, mulai tahun 1678 sampai 1688.
Pengangkatan Naqiyatuddin menjadi sultan tidak terlepas dan peran ketiga Panglima Sagi yakni Panglima Polem dan wilayah 22 mukim, Panglima Seutia dan wilayah 25 mukim, dan Panglima Imeum Muda dan wilayah 26 mukim. Pengangkatan itu mempunyai dukungan politik kuat karena Zakiatuddin mendapat dukungan penuh dan seluruh rakyat Aceh melalui wakilnya yang duduk dalam lembaga panglima tiga sagi.
Dari ketiga anggota lembaga panglima tiga sagi, yang paling berpengaruh adalah Panglima Polem. Menurut T.J. Veltman, Panglima Polem masih keturunan Sultan Iskandar Muda.
Selama berkuasa, Sultanah Nurul Alam Zakiatuddin tetap konsisten menggunakan peraturan perundang-undangan yang telah dijalankan oleh pendahulunya. Majelis Orang Kaya dan Panglima Tiga Sagi juga berfungsi seperti yang ditentukan dalam peraturan Adat Meukota Alam.
Berbeda dengan anggota lembaga panglima tiga sagi yang hanya terdiri atas 3 (tiga) orang, anggota Majelis Orang Kaya terdiri atas 12 orang. Mereka adalah adalah para tokoh yang berpengaruh di daerah masing-masing. Fungsi lembaga ini sama dengan lembaga kementrian dalam negara modern yakni membantu dan melaksanakan kebijakan yang dibuat sultanah. Seorang Belanda yang bernama William Dampier melaporkan apa yang diamatinya ketika berkunjung ke Aceh:
Negeri ini diperintah oleb seorang Ratu, di bawahnya ada 12 orang kaya atau pembesar. Mereka bertindak di pelbagai daerah dengan kuasa masing-masing.
Selama berkuasa, Sultanah Zakiatuddin juga sempat mengeluarkan mata uang Aceh yang di dalamnya terdapat tulisan Arab Paduka Seri Sultanah Inayat Syah dan dibaliknya terdapat tulisan Zakiatuddin Syah Berdaulat.
Sultanah Zakiatuddin berkuasa selama 10 tahun dan mangkat pada tahun 1688.
